การผ่าตัดทำโดยใช้แพทย์ 2 ทีม

1. ทีมแพทย์ที่ผ่าตัดลำไส้ เพื่อต่อกับช่องคลอด เป็นทีมที่มีความสำคัญมากสำหรับการผ่าตัดทำช่องคลอดดยการใช้ลำไส้ เพราะจะเป็นผู้เลือกตำแหน่งและความยาวของลำไส้ที่จะตัดมาทำเป็นช่องคลอด โดยลำไส้ส่วนนี้จต้องมีเส้นเลือดขนาดใหญ่มากพอ ที่จะมาเลี้ยงสำไส้ส่วนนี้ ซึ่งต้องมีความยาวมากพอที่จะร่วมเพศได้ และต้องสามารถดึงลงมาต่อกับส่วนผิวหนังด้านนอกโดยไม่ตึงหรือหย่อนเกินไป ซึ่งการผ่าตัดสามารถทำได้ 2 วิธี

1.1 การผ่าตัดแบบเปิด โดยใช้แผลแนวขนานบริเวณหน้าท้องส่วนล่าง เป็นเทคนิคที่ใช้ตามปกติเพราะสามารถมองเห็นตำแหน่งที่จะผ่าตัดลำไส้ได้ดี และเห็นตำแหน่งที่จะต่อกับผิวหนังเพื่อทำช่องคลอดได้ชัดเจน

1.2 การผ่าตัดโดยใช้การส่องกล้อง ทำการตัดต่อลำไส้โดยใช้การส่องกล้อง ซึ่งแผลตามแนวขวางจะมีขนาดเล็ก แต่จะมีแผลเล็กๆอีก 2 แผล

** สำหรับการผ่าตัดแปลงเพศลำไส้เทคนิคใหม่ของ BCS การผ่าตัดส่วนลำไส้จะใช้การผ่าตัดแบบปกติ ไม่ได้มีการส่องกล้อง เนื่องจากการผ่าตัดส่องกล้อง  แพทย์ทีมที่ 1 อาจจะสามารถตัดต่อลำไส้ได้ดี แต่วัดขนาดความตึงของส้นเลือด และการยืดของลำไส้เผื่อลงมาต่ออาจจะทำได้ไม่ดี  ทำให้มีปัญหารในการต่อกับช่องคลอดได้

โดยทั่วไปลำไส้ที่ถูกนำมาใช้ทำช่องคลอด เป็นลำไส้ส่วนปลายที่โค้งเข้ามาในช่องท้อง ก่อนการผ่าตัดเราจะไม่สามารถรู้ล่วงหน้าว่าลำไส้ส่วนนี้ จะมีความยาวเพียงพอหรือไม่  หรือเส้นเลือดสามารถยืดได้ยาวพอหรือไม่ ดังนั้นผู้ที่เลือกเทคนิคการผ่าตัดลำไส้อาจจะต้องยอมรับว่า ในบางกรณีเมื่อเปิดแผลหน้าท้องแล้วอาจจะไม่สามารถใช้ลำไส้มาทำช่องคลอดได้  ซึ่งในกรณีดังกล่าวมีโอกาสเกิดน้อยมาก แต่ก็มีโอกาสเกิดขึ้นได้ **

2. การเตรียมผิวหนังส่วนล่างในการต่อกับลำไส้ จะมีความสำคัญมากเช่นกัน เนื่องจากหากผิวหนังที่เตรียมไว้สั้นเกินไป ในขณะที่ทีมเตรียมลำไส้ ไม่สามารถตัดลำไส้ได้ยาวมากพอ อาจทำให้ไม่สามารถต่อกับผิวหนังเพื่อทำเป็นช่องคลอดได้ และถ้าในกรณีที่ได้ลำไส้ยาวพอ โดยที่ผิวหนังสั้นมากกว่าก็จะเกิดปัญหาการมองเห็นส่วนของลำไส้บริเวณปากทางเข้าช่องคลอดได้ ลำไส้ใหญ่ส่วนที่นำมาทำปากช่องคลอด จะมีสีแดงต่างจากผิวหนังชัดเจน และไม่มีการเปลี่ยนแปลงเป็นสีเดียวกันกับผิวหนังเมื่อเวลาผ่านไป การมองเห็นส่วนของลำไส้ในคนไข้ที่ผ่าตัด Colon เรียกว่า Colon Mucosa show  เป็นปัญหาที่พบบ่อยๆ ลักษณะที่พบส่วนใหญ่จะเห็นส่วน สีแดงของลำไส้ใหญ่บริเวณปากช่องคลอด โดยส่วนมากเกิดจากการเย็บลำไส้ต่อกับผิวหนังบริเวณปากช่องคลอดในตำแหน่งที่ต่ำมาก ทำให้ มีปัญหาการมองเห็นลำไส้สีแดง ซึ่งเป็นปัญหารที่มีผลกระทบทางใจมากกว่าแผลเป็นหน้าท้อง   แต่ถึงแม้ตำแหน่งที่เย็บลำไส้ต่อกับผิวหนังจะอยู่ต่ำ แต่จะช่วยให้การใช้งานได้ดี เมื่อร่วมเพศ สามารถสอดใส่เหนือตำแหน่งรอยเย็บได้เลย แต่เนื่องจากความผิดปกติบริเวณปากช่องคลอดจะเห็นชัดมาก คนไข้ส่วนใหญ่ต้องพยายามปิดบังบริเวณนี้ไม่ให้ใครเห็น ทำให้มีปัญหาในการร่วมเพศและเกิดความกังวลกับภาพลักษณ์ จึงเกิดปัญหาในการใช้ชีวิตคู่

คนส่วนใหญ่มักไม่รู้จักเทคนิคและปัญหาของการใช้ลำไส้มาทำเป็นช่องคลอด  สำหรับกรณีที่มองเห็นสีของลำไส้บริเวณปากช่องคลอดในเทคนิคเก่าที่ไม่มีการทำแคมใน  ให้มาคลุมบริเวณปากช่องคลอด จึงทำให้เห็นสีแดงของลำไส้ใหญ่ชัดเจน การทำแคมในให้ยาวนั้น ด้วยเทคนิคใหม่ของ BCS สามารถทำให้แคมในลงมาปิดทางเข้าปากช่องคลอดทั้ง 2 ด้าน ทำให้สามารถปิดบังสีแดงของลำไส้ แม้จะต้องดึงลำไส้มาต่อกับผิวหนังในตำแหน่งที่ต่ำมากก็ตาม